MendelR使用云上GWAS数据的方法

一、升级MendelR包的9.0版本

library(MendelR)
mr_update()

升级完成后，请重启RStudio，已经是9.0版本以上，则忽略。
MendelR9.0 2023年12月4日进行发布
FastGWASR包在2023年12月1日-12月3日对内测试

二、安装FastGWASR及绑定

按照下面链接进行安装包，以及绑定MendelR的激活码

如何快速获取云上GWAS数据 | 阈上医学 (medicineitlab.com)

三、切换数据获取模式

激活成功后，FastGWASR的功能也会同步内嵌到MendelR包内，直接填入数据id即可一键完成对应的功能分析

MendelR9.0版本以前，mr分析可以兼容在线本地数据混合分析

9.0版本以后在线数据的提取，新增云上GWAS系统数据的获取

• MendelR的在线数据获取模式有三种
  1.只使用IEU OpenGWAS数据库上的数据

  2.优先使用IEU OpenGWAS数据，获取不到的 再使用云上GWAS的数据

  3.优先使用云上GWAS系统的数据，没有的再去查找IEU数据

使用MendelR高级包的同学可以使用以下代码切换数据获取模式

自己任意选择获取模式

config_data_mode(1) #全部在线ID不经过云上GWAS系统
config_data_mode(2) #优先从IEU系统获取
config_data_mode(3) #优先从云上GWAS获取

1.切换云上GWAS数据获取模式
2.直接按照原本代码包的代码，在各种一键分析的代码中，填入云上GWAS的id即可
下面以芬兰的数据为例，下面的代码都是兼容在线数据和本地数据文件名的，自己举一反三

library(MendelR)
mr_common("finngen_R9_AB1_ERYSIPELAS", "ieu-a-2") #单变量
mr_multi_common(c("finngen_R9_AB1_ERYSIPELAS", "finngen_R9_AB1_LATE_SYPHILIS"), "ieu-a-2")#多变量

更多详细的教程，请移步文档
https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/ey8by96nb8cva4yr
https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/xaum3o44ksuyskc6
https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/zzcv1hec9kany40x

注意 id需要对应云上GWAS系统的编号id

内置的一键两样本，批量两样本，一键多变量，一键中介，smr_run，共定位等
都可以在完全切换到云上GWAS模式后，直接进行填对应的云上GWAS在线id进行分析，摆脱502问题

MendelR 将会在此系统下，持续保持更新，会有更多更便捷的方法与大家见面

云上GWAS数据的批量分析
Phewas
MR-Phewas
Twas
也会依托于这个系统，很快就会和大家见面了