云上GWAS使用说明

一、当前孟德尔随机化分析的痛点

IEU数据库的502报错——难以完成MR分析

数据下载缓慢易中断——难以下载最新的数据

笔记本处理大批量数据很崩溃——严重影响MR分析的效率

二、云上GWAS三大优势，直击上述痛点

IEU网站的所有数据已下载导入网站——无需担忧服务器502问题

官方网站发表的高质量GWAS数据——已下载清洗好，可直接使用

MedicineIT的云上GWAS数据所有数据均可代码包调用——高效一键分析

三、云上GWAS包含哪些数据

1.芬兰R9-2272条数据

编号开头：finngen_R9 https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/dls869/akuhdb5c4lb6s6a1

来自芬兰数据库最新R9版本的数据，数据更新比较及时，MR-PheWAS的优质数据库

2.UKB-PPP 全蛋白质组数据

编号开头：ukb-ppp （https://www.synapse.org/#!Synapse:syn51364943/files/）

2023年10月刚发布的最新数据，UKB-PPP项目使用Olink平台对54,219名参与者的血浆蛋白质组学特征进行了表征，并收集了2,923种蛋白质的数据

下载非常麻烦，需注册,登录,专门的软件下载，还有网速和电脑要求，未解压缩时大约2T，下载后需要进行数据清洗后方能使用！普通的笔记本电脑及个人电脑难以完成该操作！

一时间网上对于UKB-PPP数据的使用和价格炒到了2500-5000元，但是即便是买了这个数据，也很难保障其完整有效性，还需要进一步转化方正常使用！

药物靶点、全蛋白组优质数据

3.UKB-Saige

编号开头：ukb-saige https://pheweb.org/UKB-SAIGE/

收集了1403个数据中，case病例数超过500的783个表型，可以进行分类，MR-PheWAS的优质数据库

4.新1400血浆代谢组-2023年5月

编号开头： ebi-met1400 https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/yh7o2ewcgkl9xiai

ebi上，catalog编号GCST90199621~GCST90201020，网站已不开放下载

5.免疫细胞731个数据

编号开头：ebi-a (https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/qrvqh0z794ez312h

数据来源catalog上重新清洗的731免疫细胞数据，id和OpenGWAS上保持一致

6.91炎症因子

编号开头：ebi-IPs91 https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/ttb6gwyglsb0xzgh

2023年全新炎症因子GWAS，暂时未有发表的MR文章引用

7.克隆血GWAS

编号开头：ebi-ch5 https://flash0926.yuque.com/org-wiki-flash0926-kivyu0/fh8cil/fx5r843i2pkbyy0o

2022年克隆血数据

8.正在进行加入的数据

• 脑脊液代谢组
• 3143+3935 UKB MRI影像学数据
• 91线粒体pqtl数据
• ieu OpenGWAS上收录的数据，正在进行最终导入阶段

• 更多质量更好的数据持续更新

四、如何使用

1.检索需要的id

我们提供了一个高效地检索网站，可以方便地检索自己想要地数据👍

阈上医学·云上GWAS (medicineitlab.com)

2.安装R包与进行分析

获取数据需要使用专用的R包FastGWASR，安装方法比较简单，只需要简单几步即可完成👍

如何快速获取云上GWAS数据 | 阈上医学 (medicineitlab.com)

3.积分规则及获取方式

云上GWAS积分规则 | 阈上医学 (medicineitlab.com)

五、进群方式

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