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云上GWAS编号规则说明

医工科研·kim
发布于 2023-11-29 / 2814 阅读 / 0 评论 / 0 点赞

云上GWAS编号规则说明

#GWAS#FastGWASR#孟德尔随机化

云上GWAS编号说明

阈上医学·云上GWAS (medicineitlab.com)

为了更好的区分编号对应的数据，以及搜索和分析的时候，更好的查询到对应的数据

以下对编号的具体说明

编号统一采取 来源组织_数据类型/数量_具体编号信息

比如1400代谢组：

统一开头是ebi-met1400-GCST号，代表数据来自于ebi的GWAS Catalog数据GWAS Catalog (ebi.ac.uk)，met1400则代表这个数据是met代谢组，1400是gwas数据的个数，然后后面跟着具体的GCST号，例如ebi-met1400-GCST90199621
特殊的，比如芬兰的，会采取芬兰数据库原本的id，这样比较容易查询到原数据的id
下面是具体编号的详情，具体信息可以打开云上GWAS的网页查看
阈上医学·云上GWAS (medicineitlab.com)

编号开头 来源说明 原数据网站链接
finngen_R9 芬兰R9 2272个表型，适合单独分析，或者全表型分析 https://r9.finngen.fi/
finngen_R10 芬兰R10 2408个表型，适合单独分析，或者全表型分析 https://r10.finngen.fi/
ebi-met1400 1400（更新后4443个）代谢组数据，适合批量分析 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/36635386
ebi-PL179 179血浆脂质数据，适合批量分析 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/37907536
ebi-IPs91 91个炎症蛋白因子，适合批量药靶分析 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/37563310
ebi-SMB150 150皮肤菌群，区分了人群、环境、部位 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/36261456
ebi-ch5 5个克隆血数据 catalogid GCST90102618~GCST90102622
ukb-ppp ukb ppp蛋白组血数据，适合批量药靶蛋白组学分析 https://doi.org/10.7303/syn51364943
ukb-saige ukb saige783个表型数据（过滤了case小于500的数据）做MR-PheWAS数据 https://www.leelabsg.org/resources
ebi-a-GCST90001391~GCST90002121 ebi-a-731免疫细胞数据，保持和ieu上的一致 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/32929287
… …
IEU OpenGWAS项目的id …
prot-a 3282个蛋白组数据1 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/29875488
prot-b 83个蛋白组数据2 https://www.ebi.ac.uk/gwas/search?query=28369058
prot-c 1124个蛋白组数据3 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/28240269
met-a 486代谢组数据1 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/24816252
met-b 150代谢组数据2 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/25772697
met-c 123代谢组数据3 https://www.ebi.ac.uk/gwas/publications/27005778
met-d 249代谢组数据4
bbj-a 日本表型数据
ieu- ieu组织的表型数据

后续将会持续更新
具体的pmid信息，表型信息，可以打开云上GWAS的网页选中ID查看

01.FastGWASR包安装
MendelR如何使用云上GWAS

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